Гениальный на грани с безумием ученый Бакстер Стокман (Джанкарло Эспозито) разработал у себя в подвале мутаген, способный любого животного сделать разумным и прямоходящим. Однако в середине эксперимента с мухой в его жилище врывается отряд солдат, который послала эксцентричная начальница Стокмана, чтобы забрать разработку себе. В итоге из-за драки жижа попадает в канализацию, где в нее и вляпываются четыре милые черепашки и один пожилой крыс Сплинтер (Джеки Чан). Став антропоморфным и проникнувшись к малышам любовью, крыс учит их азам жизни: драться, как в боевиках с пресловутым Джеки Чаном, обожать пиццу пепперони, никогда не произносить слово "крысятничать", но главное - ни в коем случае не сближаться с агрессивными людьми наверху. Приемные дети же, конечно, больше всего на свете хотят познать большой чудесный мир на поверхности. Каждую ночь, выбегая на разведку, Леонардо (Николас Канту), Рафаэль (Брэйди Нун), Микеланджело (Шэймон Браун мл.) и Донателло (Мика Эбби) знакомятся с новой фишкой из мира людей - кино, стендапом, роликами на Youtube, кей-попом, и очаровываются им еще больше. Однажды их вылазка заканчивается приятной встречей с бойкой девчонкой Эйприл О`Нил (Айо Эдебири) и уже не очень классной разборкой со спятившим мутантом Суперфлаем (Айс Кьюб). Оказывается, та самая муха из лаборатории Бакстера выжила, собрала команду таких же мутировавших отщепенцев и теперь готова уничтожить всех вероломных людишек. Вот только это противоречит планам Лео, Рафа, Майки и Донни, и теперь им предстоит на деле проверить свои умения ниндзюцу и все то, чему научил их мудрый Сплинтер.