20 марта 1963 года 256 заключенных и 46 надзирателей бесследно исчезают из федеральной тюрьмы Алькатрас, находящейся на острове посреди залива Сан-Франциско. Чтобы скрыть их исчезновение, правительство придумало рассказ о закрытии тюрьмы из-за растущих затрат и обветшалости сооружений и сообщило, что заключенные были переведены в другие тюрьмы. Однако федеральный агент Эмерсон Хаузер (Сэм Нил), которому в 1963 году было поручено перевести заключенных на остров, был одним из первых, кто обнаружил, что находившиеся там люди на самом деле пропали... Наше время. Бывший заместитель надзирателя тюрьмы Алькатрас найден убитым у себя дома и, судя по отпечаткам, убил его не кто иной, как заключенный Джек Сильвэн (Джеффри Пирс), пропавший 50 лет назад. Оказывается, он загадочным образом вернулся, нисколько не состарившись и не помня ничего о том, где был все эти годы. Взявшаяся за расследование дела детектив полиции Ребекка Мэдсен (Сара Джонс) обращается за помощью к доктору Диего Сото (Хорхе Гарсиа), который является настоящим знатоком истории Алькатраса. Позже выясняется, что Эмерсон Хаузер ныне возглавляет особый секретный отдел, который занимается поиском тех самых пропавших преступников. Мало того, правительство ожидало их возвращения. Вместе героям предстоит поймать не только Сильвэна, но и выяснить, кто может стать следующей жертвой, где все это время были пропавшие, кто их похитил и по чьему приказу, вернувшись, они не только взялись за старое, но и занялись поисками неких предметов.