Изнурительная Война клонов почти завершена полным разгромом сепаратистов. Похищенный канцлер Палпатин обвиняет в мятеже рыцарей-джедаев и отдает шокирующий "Приказ" об истреблении всех оставшихся представителей ордена. Сам он, заручившись поддержкой армии клонов, готовит закон о реорганизации Республики в Галактическую Империю под своим единоличным руководством. Во всем этом хаосе критический настрой и стремление понять ситуацию сохраняет лишь одна элитная группа воинов-клонов - так называемая Бракованная партия. Охотник, Крушила, Прицельщик, Тех и Эхо в результате экспериментов получили особые навыки, но из-за побочного эффекта их чипы дали сбой, и теперь они могут подвергать сомнению все отданные приказы. Сомнения вызывает у них и приказ жестоко вырезать всех сепаратистов, особенно когда они понимают, что зачастую это гражданские. Тем не менее, пойти против Империи для солдат опасно, и их поведение вызывает все больше вопросов у верного сторонника Палпатина, адмирала Таркина. Вдобавок ко всему, и внутри отряда назревает разлад - самый подозрительный из них, Прицельщик, не одобряет решения командира Охотника и покидает группу. Теперь оставшимся воинам предстоит разобраться в истинных планах Империи, понять, на чьей же они стороне, и не погибнуть в очередной кровопролитной битве с бывшими соратниками.